Wenn du nicht allzu oft deine Werte aufzeichnen muss, könntest du mit den Digitalports zwischen mehreren quellen für die A/Ds wählen. Dazu kannst du z.B. Relais (recht teuer, wenn du keine hast) nehmen, die immer andere Messeingänge mit deinen Ports verbinden.
Mit Transistoren(billiger und schneller) könntest du das auch machen, wenn das Signal, welches du messen willst, halbwegs belastbar ist oder du das so ausrechnen oder nachher durch nachmessen einstellen kannst, dass die Schaltströme (irgendwo müssen die ja auch fließen) deine Messung nicht stören.
Einen Analogeingang geringerer Auflösung kann man mit Widerständen und Digitalports auch nachbauen (obwohl man aus 16Digiports kaum soviele A/Ds machen kann, wie du brauchst.).