Also EEPROMs sind nur die Speicherbausteine, die von einem Controller abgefragt werden können. Es wird quasi nur der ausführbare Code des Controllers darauf geladen.
Wenn du einfach nur einen Mikrocontroller programmieren willst, solltest du dich mal im AVR- oder Pic-Forum umschauen. Dort gibt es einige Beiträge zum Thema Programmierung.
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