normalerweise(so als normaler Hobbybastler) programmiert man nen AVR mittels ISP, was "In System Programming"(oder so ähnlich) bedeutet
das heißt, man kann den AVR in der Schaltung programmieren und muss ihn nicht in ein spezielles Gerät einsetzen, Anleitungen, wie man sich einen solchen ISP baut, gibts in diesem Forum genügend
man kann einen AVR auch mittels Bootloader per RS232 programmieren, allerdings muss man vorher einmal diesen Bootloader auf den AVR programmiert haben
du könntest also einen ISP aufbauen und mit Drähten an deine geätzte Platine löten, den Bootloader draufprogrammieren und die Drähte wieder weglöten, danach kannst du den AVR mittels RS232 programmieren

verwende Codevision, Gibt es eine bessere alternative?
naja, was ist besser?
es gibt mit dem avr-gcc eine kostenlose und sehr gute Alternative

edit: wär wohl zu spät...