z.B die eine LED soll blinken und die andere soll 2 min an sein und danach
4 min an sein ( später: Motor läuft 2min mit 2 Volt dann 4min mit 4 Volt über PWM)
Ich kenn mich zwar mit der C-Control nicht aus, aber ich vermute mal der Befehl "Pause"in deinem Quellcode, wird einfach nur bewirken, dass der Controler für die angegebene Zeit gar nichts macht, bzw. Nullrunden dreht.

Dass während einer Pause von 2 Minuten das 2. Unterprogramm auch nicht ausgeführt wird ist völlig klar.

Die C-Control kenn ich wie gesagt nicht, aber auf dem PC würde man den Rechner auch nicht 2 Minuten in einer Leerschleife rumrödeln lassen, sondern die Startzeit in einer Variablen speichern und dann in einer Schleife regelmässig abfragen, ob aktuelle Zeit minus der Startzeit = 2 Minuten ist.

Irgendsowas ähnliches wird bei der C-Control über einen Timer sicherlich auch möglich sein.