steht das in irgedneiner doku, oder muss man dazu einfach jemanden fragen, der sich auskennt?

Also mit WinAVR kannst du meiner Meinun nach keine .exe erstellen. Das meinst du doch mit bin, oder?
Nein, er meint schon "bin" - das ist im Gegensatz zu hex etwas schlanker.
im (intel-) Hexformat stehen noch Checksummen, Steuerzeichen und Zieladressen. Sehr praktisch zum flashen von µCs.
"Bin" ist wirklich nur der reine Programmcode, so wie er nachher im RAM liegt, also insofern schon vergleichbar mit einer .exe-Datei. Nur halt für einen AVR, nicht für x86