ist schon eine recht krasse Abweichung.
Hast du bedacht, dass du nicht einfach den Positionszähler Nullen kannst?
Nämlich dann wenn du die Motorschrittfolge aus dem Positionszähler erhälst?
Sonst verliert der Motor schlimmstenfalls drei Schritte.

verliert dein Motor vielleicht überhaupt Schritte?

ist du sicher, dass die Lichtschranke überhaupt so präzise misst? (Mach einen größeren "Zeiger" an das Getriebe und versuche es damit.)