Also eine Möglichkeit, ich weiß nicht ob sie noch offen ist, wäre einfach den Timer1 zu nehmenm, der hat 2 Compareregister. AUßerdem kannst du den Oberwert festlege und den Fast-PWM benutzten, dann ist der TImer doppelt so schnell, wenns dir was bringt.

Mir ist auf ehrlich gesagt nicht ganz klar, was dein Programm macht. Wenn ich das richtig sehe, dann wird es durch einen Interrupt ausgelöst (nach wieviel Takten?) invertiert ein Bit dann für 4 Takte und invertiert es wieder. Wenn es also um die reine takterzeugung geht, wäre es doch sicher besser/schneller, wenn du nicht extra in die IRQ springen und alles "von Hand" ausführen musst.