Er löst nach 256 den Interrupt erst aus, da er bei 255 noch nicht überläuft, deswegen ja auch die 256 (so, nun hast die Erklärung )
Und wenn du schreibst: 256-255, dann lädst du den Timer also mit 1 vor. Also läuft er nach 255 Schritten über und löst den Interrupt aus.

@Sebastian:
.equ time 65536-3600
Denn
1/3,6864 MHz = 271ns

271ns * 1024 = 278µs

278µs * 3600 = 1000,8 ms

Wunderbar