Die Bauteilnummer ändert doch nix an der Lötstoppmaske, sondern nur den Bestückungsdruck.
Bauteilnamen in Eagle mussen eindeutig sein.
Bei manchen pcb-Herstellern kannst du auch mehrere Platinen auf den Nutzen setzen. Da kostet aber u.U. das Ausfräsen, oder du must ausreichend Platz am Rand vorsehen, um die selber sägen zu können. Lotstoppmaske wird nur eine erstellt (bzw 2 für SMT).