Du kannst ganz normale 22pF Keramikkondensatoren nehmen. Eine 4 poligen Quarzosszilator würd ich aber trotzdem auf Lager liegen haben, weil es schnell mal passieren kann, das mit die Fusebits auf den einstellt.

Reset ist im Auslieferungszustand auch wirklich Reset und kein Ein- oder Ausgang. Nur wenn du ihn als Ein- oder Ausgang benutzen willst musst du das umstellen. Dann darfst du aber nie vergessen, das wenn du ihn als Ausgang einstellst du den Chip nur mit viel Aufwand neu beschreiben kannst.

Als Elektroniker solltest du aber negiert kennen. Wird aber bestimmt nochmal angesprochen in der Berufsschule. Das bedeutet in etwa das was du schon richtig vermutet hast. Wenn du am Ausgang eine 1 ausgibst und der Ausgang negiert ist ist am Ausgang tatsächlich eine 0. Aber 0V sind nicht potentialfrei!!!

Ich steck die ICs immer so rein. Zu empfehlen ist es wohl nicht

Optokoppler oder nicht, das ist hier die Frage. Da streiten sich die gelehrten. Einige hier im Forum sind absolut der Meinung, das jeder Ein- und Ausgang damit abgesichert werden sollte. Ich bin der Meinung, solange von der Schaltung kein Leben abhängt oder es kommerziell in der Industrie verwendet werden soll kann man sich solch einen Aufwand meistens sparen.

Pulldown hat der AVR nicht intern. Was genau lernst du denn? Kann sein das du dich noch umgewöhnen musst und öfters mal Masse schalten wirst. Aber da musst du wieder dran denken, das wenn Masse geschaltet wird dir das Programm eine 0 liefert wenn geschaltet wird.

Die LEDs am ISP müssten dan gegen +5V geschaltet werden. Die LED am ISP die du verwenden willst geht mit deinem Programmieradapter aber nicht. Diese LED muss vom Adapter unterstützt werden. Das flashen dauert ja keine Stunden. Je nach Programm wirst du merken ob der PC hängt oder nicht.

Für RS232 brauchst du ein Verlängerungskabel. Kein Nullmodemkabel!

Ich glaube am besten ist es, wenn du dir erstmal ein paar Bauteile kaufst und dein ersten Versuch einfach nur irgendwie zusammenlötest um mal zu schauen wie das ganze funktioniert. Dan siehst du wie schnell das flashen geht usw.
Ein Experimentboard kanst du danach immer noch bauen.
Am schlimmsten wird es das programmieren zu lernen. Wenn du wirklich alles in Assembler machen willst musst du die Datenblätter studieren. In Basic wäre es einfacher.

Deinem Board fehlen sowieso noch einige entscheidene Dinge. Ein LCD habe ich da nicht gesehen, einen IR-Empfänger auch nicht. Deshalb ist es vielleicht einfacher erstmal zu schauen für was man AVRs einsetzt und was das Board alles haben muss.