Inkonsistenz tritt auf, wenn du am Board was änderst und das Schematic bekommts nicht mit, etwa weil du es zugeclickt hast.
Das wieder zurecht zu biegen kann mühsam sein, versuch mal ob dir der ERC ein paar Tipps gibt wo der Hund begraben liegt.

Boards sind eigentlich nie fertig. Spätestens ab dem Zeitpunkt, wo das Ding in der Mache ist, fallen einem noch 1000 Dinge ein, was noch fehlt, was falsch ist und was man besser hätte machen können.

Eigentlich macht dein Board ja nix, ausser 5V bereit zu stellen und Anschlüsse für den µC zu bieten und nen Quarz.
Da würd ich eher ein Steckboard in Betracht ziehen, das ist wesentlich flexibler. Wenn sich dann eine Schaltung rauskristallisiert, kann man sie immer noch auf ne Platine backen.

Sieh Bohrungen vor um das Ding mal befestigen zu können, 2.5-3mm. Da denkt man anfangs nicht dran, aber wenn das Board später rumhampelt ists super lästig. Platz hast du ja en masse.

Eine Diode vor dem 7805 schützt dich vor evtl. Verpolung.
Ein paar Taster oder LEDs wären vielleicht noch nett, Ports hast du ja genug. Die Bauteile nur vorzusehen kostet nix, so kannst du nachbestücken.

Zudem empfiehlt es sich, die Bauteile zu besorgen, bevor man die Platine in Auftrag gibt, damit man checken kann, ob auch wirklich alle Teile passen. Es gibt nix ärgerlicheres als nicht passende Bauteile (Package, Bohrung, Anordnung).

Deine Leiterbahnen sind oft arg dich an den Pads, zB zwischen R1 und R2. Bedenke, daß du da mit dem Lötkolben ran willst.