Der Atmega hat bei den analogen Eingaengen einen Komperator, der einen IRQ generieren kann. Mit einen Eingang auf VCC/2 und den anderen als "Messeingang" sollte das ganze schnell genug werden.
Ansonsten kannst Du versuchen, ein normales Portpin zu nehmen - die Systemlast ist aber durch den Pollingbetrieb entsprechend hoch.

Heinz