Ich wusste ja garnicht, das mein Radiowecker auf die Netzfrequenz synchronisiert wird?!

Ein 32kHz Uhrenquartz kann auch direkt an einem Mega angeschlossen werden und dann für den Uhrzeittakt sorgen. Das sind die Anschlüsse OSC1 und OSC2. Wie das dann weiter verarbeitet wird hängt sicherlich von der Programmiersprache ab. Ich selbst habe das noch nicht getestet und könnte wenn überhaupt nur helfen wenn es um Bascom geht. Da wüsste ich wo ich es nachlesen kann.

Aber wenn es wirklich so 100%ig genau sein muss, bleibt wohl nur das Funkzeitsignal.

Es bleibt auch zu beachten, das wenn ein Timer benutzt wird, die Zeit vom Auslösen des Interrupts bis zur Ausführung des erstens Befehls der ISR die Uhrzeit verfälscht.
Ich habe mir mal eine Uhr programmiert, die die Zeit auf einem LCD anzeigt. Am AVR ist auch ein IR-Empfänger angeschlossen. Über ein Menü kann mit einer Fernbedienung der Preload-Wert des Timer angepasst werden. So kann man die Ungenauigkeit des Taktes und die nicht berechnetet Zeiten zum ausführen des Programms kompensieren.