Ja, ist eben die Individualität eines jeden Quarzes.

Ein Faktor ist die Temperatur. Der Zusammenhang zwischen Temperatur und Frequenz -- die Temperaturdrift -- ist i.A nichtlinear und abhängig vom Quarztyp (Schnitt).
Dein Temperaturprofil ist aber jeden Tag ähnlich, so daß das weniger ins Gewicht fällt.

Ein weiterer Faktor ist die Alterung des Quarzes bzw seiner Kontaktierung, aber das misst sich eher in Jahren.

Mit der softwareseitigen Kompensation solltest du schon um einiges genauer werden können. Wieviel genau, wirst du sehen wenn es implementiert ist.