Denkbar ist auch, daß dir beim Schalten des Relais die Vcc in die Knie geht und der Controller nen Reset ausführt. Das mal gecheckt?
Oder die Spannung geht runter und die Spule zieht nicht mehr gescheit.

U.u brauchst du 2 Freilaufdioden: eine für die Relaisspule, und 1 falls du ne indiktive Last hast.